然而，新秩序并非一帆风顺。在资源分配过程中，尽管有统一标准，但部分宇宙对自身资源配额仍存争议，认为未能充分考虑其未来发展潜力，导致一些局部矛盾产生。在科研合作方面，随着研究的深入，知识产权归属和利益分配问题逐渐凸显。不同宇宙的科研体系和价值观念存在差异，如何公平合理地界定各方权益，成为亟待解决的难题。此外，虽然军事防御能力大幅提升，但一些非法组织残余势力并未彻底消失，他们隐藏在多元宇宙的边缘地带，伺机而动，给安全形势带来了不确定性。

面对这些新的挑战，多元宇宙发展协调委员会再次发挥关键作用。针对资源配额争议，委员会组织专家团队进行全面评估，综合考虑各宇宙的现状与未来规划，对分配方案进行动态调整。对于科研合作中的知识产权和利益分配问题，制定详细的规则和协议，明确各方权利与义务，确保科研成果能够得到合理利用和共享。在安全防范上，加强对边缘地带的巡逻与监控，与当地势力展开合作，共同打击非法组织残余，维护多元宇宙的和平与稳定。

在新秩序的框架下，多元宇宙在机遇与挑战中砥砺前行。各宇宙深知，唯有不断完善新秩序，加强合作与沟通，才能充分把握机遇，战胜挑战，实现多元宇宙的持续繁荣与发展。